При анализе данных о частоте использования кодонов были выявлены следующие закономерности: 1) кодирующая часть содержит достоверно больше аденина, чем урацила; 2) в первом положении кодона обнаруженная асимметрия усиливается; 3) третье положение кодона демонстрирует обратную тенденцию: аденина тут меньше, чем урацила; 4) в первом положении кодона в 100% исследованных геномов наблюдалось накопление гуанина (по сравнению со средним содержанием в геноме).
Усредненная асимметрия аденина и урацила согласуется с предположением о том, что наблюдающаяся закономерность сформирована АТ-обогащением генома.
Первоначально закономерности были найдены в данных по всему геному. Существование возможной специфики на уровне отдельных генов заставило сформировать выборку на основе кодирующей последовательности случайно выбранных генов. На уровне отдельных генов все закономерности оказались статистически значимы.
В этой выборке обращает на себя внимание высокая частота сочетаний кодонов вида: (NNU)(GNN). Можно предположить, что данное сочетание влияет на фолдинг мРНК. Гипотеза о взаимном влиянии урацила и гуанина в этих позициях хорошо объясняет закономерности накопления урацила в третьей, а гуанина в первой позициях кодона.
| Файл тезисов: | Кузьмин_тезисы.pdf |