061. Программный пакет для множественного-QTL генетического анализа сложных количественных признаков

Нами разработаны алгоритмы и программный пакет для генетического анализа сложных количественных признаков в расширенных диаллельных скрещиваниях рекомбинантных инбредных линий и гибридах второго поколения линий-основателей. Отличительной особенность разработанной системы является применение множественного-QTL подхода и учет межлокусных взаимодействий.
Задача решалась в несколько этапов: поиск решений, объясняющих данные расширенных диаллельных скрещиваний с точностью до средовых шумов; определение позиций в геноме, в которых могут быть локализованы локусы полученных решений; тест на сходство предсказанного и наблюдаемого распределений признака в гибридах второго поколения линий-основателей; поиск решений, объясняющих объединенные экспериментальные данные; проведение полногеномного перестановочного теста.
Разработаны и реализованы многопоточный алгоритм поиска решений на основе данных о расширенных диаллельных скрещиваниях, алгоритм нахождения всех точек сцепления на генетической карте хромосом и методы анализа характера наследования исследуемого признака на основе двух экспериментальных наборов данных.
Размещение программного пакета предполагается на современных персональных компьютерах и ноутбуках, поэтому система разрабатывалась с учетом многоядерности процессорных архитектур. За счет распараллеливания вычислений удалось добиться значительного повышения производительности. Тестирование системы проводилось на реальных данных, где в качестве сложного количественного признака выступал вес мозжечка у лабораторных мышей.