For workshops

Программа размещена по ссылке: https://conf.icgbio.ru/sbb-plantgen-2021/program/

В данном разделе описаны требования к знаниям и компьютерам / ноутбукам участников школы для прохождения определенных практик.

По данной ссылке доступно для скачивания ПО, которое потребуется для практических занятий.

 

Уважаемые участники!
Те из вас, кто при регистрации выбрал только одну практику, либо попал на одну практику при распределении из-за особенностей расписания – могут дополнительно записаться на следующие практики:
для очных участников:

  • Компьютерная эволюционная биология: анализ генетических последовательностей. Мустафин З.С. Формат очный и дистанционный. Число мест не ограничено.
  • Математика и системная биология COVID-19. Криворотько О.И. Формат очный и дистанционный. Число мест не ограничено.
  • Реконструкция и анализ ассоциативных генных сетей с помощью программы ANDVisio, являющейся модулем системы ANDSystem. Иванисенко В.А. Формат только дистанционный. Число мест не ограничено.
  • Компьютерный анализ и моделирование пространственных структур белков. Иванисенко Н.В. Формат очный. Свободно 5 мест.
  • Компьютерное моделирование метаболический путей бактерий. Клименко А.И. Казанцев Ф.В. Формат очный. Свободно 4 места.

для дистанционных участников:

  • Компьютерная эволюционная биология: анализ генетических  последовательностей. Мустафин З.С. Формат очный и дистанционный. Число мест не ограничено.
  • Математика и системная биология COVID-19. Криворотько О.И. Формат очный и дистанционный. Число мест не ограничено.
  • Реконструкция и анализ ассоциативных генных сетей с помощью программы ANDVisio, являющейся модулем системы ANDSystem. Иванисенко В.А. Формат только дистанционный. Число мест не ограничено.

Обратите внимание, что практика у Мустафина З.С. проходит дважды – во вторник и в четверг. Вы можете выбрать более удобный для вас вариант, чтобы он не пересекался с ранее выбранными практиками (см. расписание практик ниже).  Для записи пишите на е-мейл оргкомитета sbb.plantgen2021@bionet.nsc.ru с темой письма «Запись на дополнительные практики».

Расписание практик:
ткнитесь на картинку, чтобы открыть расписание в полноразмерном формате

 

Практика № 1. Формат: очный
Компьютерная статистическая геномика
Цепилов Яков Александрович, к.б.н., с.н.с. ИЦиГ СО РАН, НГУ, Новосибирск, РФ

  • Желаемые ресурсы для проведения: компьютер с установленным R.
  • Минимальные знания, необходимые участникам для участия в практическом занятии: минимальные навыки программирования. Основы матстатистики и генетики.
  • Минимальные требования к компьютерам для участников: Mac/Win/Linux
  • Требуемое ПО, которое необходимо участникам: Установлен R и пакеты:
    • Start R and type install.packages(‘corrplot’)
    • packages(‘qqman’)
    • packages(‘reshape2’)
    • packages(‘ggplot2’)
    • packages(‘coxme’)
    • packages(‘https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/GenABEL/GenABEL_1.8-0.tar.gz’)

Практика № 2. Формат: гибридный (очный + дистанционный)
Секвенирование и анализ данных для поиска структурных вариантов в геноме человека с использованием технологий Hi-C и Oxford Nanopore
Фишман Вениамин Семенович, к.б.н., в.н.с. ИЦиГ СО РАН, Новосибирск, РФ

  • Желаемые ресурсы для проведения: участники должны иметь компьютер и связь с интернетом
  • Минимальные знания, необходимые участникам для участия в практическом занятии: хорошие навыки работы в молекулярно-биологической лаборатории, опыт работы с ДНК.
  • Минимальные требования к компьютерам для участников: будет использоваться вычислительный сервер.
  • Требуемое ПО, которое необходимо участникам: OS Linux (предпочтительно Ubuntu).

Практика № 3. Формат: гибридный (очный + дистанционный)
Реконструкция и анализ транскриптомов на основе данных RNA-seq
Афонников Дмитрий Аркадьевич, к.б.н., в.н.с. ИЦиГ СО РАН, Новосибирск, РФ

  • Желаемые ресурсы для проведения: Интернет, компьютер (ноутбук).
  • Минимальные знания, необходимые участникам для участия в практическом занятии: для прохождения данного курса рекомендуется базовое знакомство с операционной системой Linux и языком программирования R
  • Минимальные требования к компьютерам для участников: ноутбук с возможностью доступа к Интернет (WiFi)
  • Требуемое ПО, которое необходимо участникам: Для OS Windows клиент ssh putty и программа WinSCP, для всех OS интернет браузер, геномный браузер IGV, пакет R.

Практика № 4. Формат: очный
Компьютерный анализ и моделирование пространственных структур белков
Иванисенко Никита Владимирович, н.с. ИЦиГ СО РАН, Новосибирск, РФ

  • Желаемые ресурсы для проведения: участники должны иметь компьютер и связь с интернетом;
  • Минимальные знания, необходимые участникам для участия в практическом занятии: общие знания по молекулярной биологии;
  • Минимальные требования к компьютерам для участников: не менее двух гигабайт оперативной памяти;
  • Требуемое ПО, которое необходимо участникам: офисный пакет, интернет браузер.

Практика № 5. Формат: гибридный (очный + дистанционный)
Компьютерная эволюционная биология: анализ генетических последовательностей
Мустафин Захар Сергеевич, м.н.с. ИЦиГ СО РАН, Новосибирск, РФ

  • Желаемые ресурсы для проведения: каждому пользователю потребуется ноутбук или стационарный компьютер.
  • Минимальные знания, необходимые участникам для участия в практическом занятии: отсутствуют.
  • Минимальные требования к компьютерам для участников: 64-битная операционная система, четырехъядерный процессор, 8 ГБ оперативной памяти.
  • Требуемое ПО, которое необходимо участникам: программный комплекс Cytoscape (https://cytoscape.org/download.html), пакет программ PAML (http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml4.9j.tgz, распаковать в любую директорию без кириллицы в пути), любой интернет браузер. Желательна операционная система семейства windows или mac. Если операционная система семейства Linux, то пользователю необходимо самостоятельно установить Java 8 (https://www.oracle.com/java/technologies/javase-jre8-downloads.html, для windows и mac это сделает Cytoscape)

Практика № 6. Формат: очный
Компьютерное моделирование метаболический путей бактерий
Клименко Александра Игоревна, к.б.н., н.с. ИЦиГ СО РАН, НГУ, Новосибирск, РФ; Казанцев Федор Владимирович, к.б.н., н.с. ИЦиГ СО РАН, НГУ, Новосибирск, РФ

  • Желаемые ресурсы для проведения: Интернет, компьютер (ноутбук).
  • Минимальные знания, необходимые участникам для участия в практическом занятии: знание основ работы с языком программирования Python.
  • Минимальные требования к компьютерам для участников: ноутбук с озу от 4 гб; многоядерный процессор (от 2х ядер); наличие от 5 гб свободного места на диске.
  • Требуемое ПО, которое необходимо участникам: Python (www.python.org). Предпочтительная среда разработки – Jupiter (jupyter.org). CobraPy (cobrapy.readthedocs.io) Escher (escher.readthedocs.io)

Практика № 7. Формат: гибридный (очный + дистанционный)
Математика и системная биология COVID-19
Криворотько Ольга Игоревна, к.ф.-м.н, н.с. ИВМиМГ СО РАН, Новосибирск, РФ

  • Желаемые ресурсы для проведения: Интернет, компьютер (ноутбук).
  • Минимальные знания, необходимые участникам для участия в практическом занятии: Основы алгебры и дифференциальных уравнений.
  • Минимальные требования к компьютерам для участников: Наличие браузера Google Chrome, система Windows 10.
  • Требуемое ПО, которое необходимо участникам: Google Chrome, Windows 10, Java Script.

Практика № 8. Формат: дистанционный
Реконструкция и анализ ассоциативных генных сетей с помощью программы ANDVisio, являющейся модулем системы ANDSystem
Иванисенко Владимир Александрович, к.б.н., в.н.с. ИЦиГ СО РАН, Новосибирск, РФ

  • Желаемые ресурсы для проведения: участники должны иметь компьютер и связь с интернетом.
  • Минимальные знания, необходимые участникам для участия в практическом занятии: общие знания по молекулярной биологии.
  • Минимальные требования к компьютерам для участников: не менее двух гигабайт оперативной памяти.
  • Требуемое ПО, которое необходимо участникам: офисный пакет, интернет браузер.

Практика № 9. Формат: очный
Использование GWAS для идентификации генов-кандидатов и маркер-ориентированной селекции / GWAS for candidate gene identification and Marker Assisted Breeding
Professor Gentzbittel Laurent, Skoltech, Moscow, Russia / France & Ben Cécile, principal research scientist, Skoltech, Moscow, Russia / France
Данная практика будет проходить на английском языке
Данная практика будет проходить в терминальном классе, оборудованном компьютерами