Структурная биоинформатика — это раздел, который изучает структуры биологических молекул и соединений, таких как структуры белков, структуры РНК, даже структуры ДНК, причем не одной молекулы, а того, как она уложена в ядре. Существует два основных подхода – молекулярная динамика, в которой моделируется движение молекул под действием физических полей, которая получила толчок к развитию при развитии суперкомпьютеров. Второй подход – статистический, содержащий множество методов, позволяющих на основе сравнивания последовательностей аминокислот или нуклеотидов с представленными в базах данных, предсказывать структуру исследуемой молекулы. Кроме предсказания структуры одной молекулы в рамках данной секции будут рассмотрены задачи изучения механизмов распознавания белками малых молекул, предсказание вычислительными методами взаимодействия транскрипционных факторов — белков, управляющих экспрессией генов — с ДНК и др.
