Метод частиц широко применяется при компьютерном моделировании в молекулярной биологии и химии для исследования структуры макромолекул, в механике жидкостей, газов и твердых тел, в нанотехнологиях, в физике плазмы и т.п.
Математическая модель сводится к системе обыкновенных дифференциальных уравнений, описывающей ньютоновские траектории соответствующих материальных частиц в пространстве. Считается, что вектор силы, действующей на каждую частицу, зависит, вообще говоря, от координат всех других частиц, поэтому на расчет таких векторов (т.е. правой части системы уравнений) и расходуется почти всё машинное время. При большом числе частиц для решения уравнений необходимо привлекать многопроцессорные ЭВМ и кластеры. В работе представлены примеры решений ряда модельных задач динамики взаимодействующих частиц на вычислительных кластерах. Распараллеливание проводилось с помощью системы DVM, разработанной в ИПМ им. М.В.Келдыша РАН.
| Full text file: | LPK_MD.pdf |