Создание, а тем более дальнейшее развитие математических моделей сложных биологических процессов, таких как модель регуляции кровообращения у человека [1], обычно бывает нетривиальной задачей из-за больших объемов и сложной структуры. Однако очень часто оказывается возможным разбить модель на функциональные блоки, тем самым, применив композиционный подход, которые могут рассматриваться по отдельности, что существенно облегчает понимание модели и работу с ней. С целью решения данной задачи, был разработан плагин для системы BioUML включающий:
1. Пользовательский интерфейс для графического представления, создания и редактирования комплексных моделей, состоящих из отдельных, но связанных между собой блоков.
2. Программу для автоматической генерации из комплексной блочной модели плоской, пригодной для симуляции обычными методами численного решения алгебро-дифференциальных уравнений.
Созданный плагин позволяет легко реализовывать сложные модели в виде набора связанных блоков с определенными входами и выходами, варьировать их содержание и проводить различные эксперименты. С применением описанного выше подхода реконструирована модель Гайтона, состоящая из 18 блоков. Модель валидирована путем воспроизведения экспериментов, описанных в [1,2], и доступна в системе BioUML по адресу www.biouml.org.
| Abstracts file: | Реализация модели Гайтона тезисы.pdf |