В рамках школы молодых ученых «Современные методы секвенирования нуклеиновых кислот» пройдет конкурс проектов. Победители получат возможность провести секвенирование своих объектов на платформах NGS, представленных в ЦКП СО РАН «Геномика».
Желающие участвовать в конкурсе проектов должны:
1) зарегистрироваться на сайте школы;
2) оплатить оргвзнос (без этого проект не рассматривается);
3) зарегистрировать проект, прикрепив файл с его описанием (через опцию добавления доклада).
Проект (не более 10-12 стр.) должен содержать:
• описание объекта исследования, достаточно подробное для понимания цели и важности проекта;
• точную формулировку задачи проекта с указанием элементов новизны;
• развернутый план осуществления проекта, включающий обоснование выбора платформы, этапы выделения ДНК, создания баркодированной фрагментной библиотеки и последующего анализа данных.
Платформы:
| Платформа | Тип библиотеки | Длина прочтения | Возможное число прочтений на проект | Общий объем на все проекты | Чип |
| 454 FLX+ | фрагментная,
ампликоны |
700 | 10-100 тыс. | ~50-100 Мб | 1/8-1/6 |
| SOLID 5500xl | фрагментная | до 75 | 50-500 млн. | ~5-10 Гб | 1/6 |
| MiSeq* | фрагментная | до 2×150 | 1-5 млн. | ~1-1.5 Гб | 1 |
* — секвенирование на MiSeq будет организовано Интерлабсервис
Крайне желательно, чтобы в файле уже присутствали данные о качестве вашей ДНК:
• спектр поглощения в диапазоне 210-310 нм;
• данные электрофоретического анализа с использованием маркеров длины, позволяющих достаточно точно оценить средний молекулярный вес препарата.
Данные о качестве ДНК в любом случае будут нужны до подведения итогов.
На сайте molbiol идет обсуждение деталей. http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=506143
Проекты принимаются до 5 мая, регистрируйте их как доклады на данном сайте. Результаты конкурса будут объявлены 14 мая.
Победители должны будут в течении недели выслать образцы в ЦКП. Результаты секвенирования будут представлены участниками на школе.