Конкурс проектов

В рамках школы молодых ученых «Современные методы секвенирования нуклеиновых кислот» пройдет конкурс проектов. Победители получат возможность провести секвенирование своих объектов на платформах NGS, представленных в ЦКП СО РАН «Геномика».

Желающие участвовать в конкурсе проектов должны:

1) зарегистрироваться на сайте школы;
2) оплатить оргвзнос (без этого проект не рассматривается);
3) зарегистрировать проект, прикрепив файл с его описанием (через опцию добавления доклада).

Проект (не более 10-12 стр.) должен содержать:

• описание объекта исследования, достаточно подробное для понимания цели и важности проекта;
• точную формулировку задачи проекта с указанием элементов новизны;
• развернутый план осуществления проекта, включающий обоснование выбора платформы, этапы выделения ДНК, создания баркодированной фрагментной библиотеки и последующего анализа данных.

Платформы:

Платформа Тип библиотеки Длина прочтения Возможное число прочтений на проект Общий объем на все проекты Чип
454 FLX+ фрагментная,

ампликоны

700 10-100 тыс. ~50-100 Мб 1/8-1/6
SOLID 5500xl фрагментная до 75 50-500 млн. ~5-10 Гб 1/6
MiSeq* фрагментная до 2×150 1-5 млн. ~1-1.5 Гб 1

* — секвенирование на MiSeq будет организовано Интерлабсервис

Крайне желательно, чтобы в файле уже присутствали данные о качестве вашей ДНК:

• спектр поглощения в диапазоне 210-310 нм;
• данные электрофоретического анализа с использованием маркеров длины, позволяющих достаточно точно оценить средний молекулярный вес препарата.

Данные о качестве ДНК в любом случае будут нужны до подведения итогов.

На сайте molbiol идет обсуждение деталей.  http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=506143

Проекты принимаются до 5 мая, регистрируйте их как доклады на данном сайте. Результаты конкурса будут объявлены 14 мая.

Победители должны будут в течении недели выслать образцы в ЦКП. Результаты секвенирования будут представлены участниками на школе.

Результаты конкурса