1

• 15 B-DNA 15
• 16S rRNA 63

5

• 5′-untraslated leaders 60
• 5′-untraslated regions 59

A

• activated database 42
• active database 15
• activity 14 52
• adduct formations 45
• alignment 13 73 85
• alternative splicing 67
• alu repeats 89
• amino acid composition 73
• amino acid sequence 111
• amino acid sequences 85
• amino acid substitutions 106 107
• analysis tools 1
• and RNA secondary structure 82
• anthology 74
• antigen determinant 113
• antigenic determinant 116
• antisense oligonucleotide 81
• antiviral response 18
• apolipoprotein 113 117
• arabidopsis thaliana 24
• artificial neural networks 30
• asymmetrical coding sequences 69
• asymmetrical repartition 69
• AUG triplets 62
• automata 21
• automated visualization 18

B

• B-DNA 127
• bacterial genomes 39
• bacterial species 69
• base pairing free energy 63
• bending stiffness energy 54
• benzopyrene 45
• binary classification 77
• binding sites 10 11 12 13 15 38 68
• bioinformatics 19 119
• bioprocesses regulation 28
• biosyntesis 10
• business game 122
• bZIP domain 106

C

• Ca-dependent proteins 86
• caenorhabditis. elegans 3
• cell signaling 21
• cellular automata 121
• cellular location 105
• central limit theorem 42
• chloroplasts 47
• cholesterol 10
• chromosome 93
• chromosome evolution 93
• chromosome segmentation 79
• classification 53
• cleavage site 127
• cluster of orthologous groups 87
• coding regions 84
• coding sequences 72
• codon distribution 96
• codons 73
• commerce 120 121 122
• compensatory mutations 89
• complementary duplexes 44
• composite regulatory elements 12
• computer analysis 59 63
• computer experiment 85
• computer program 60
• computer simulation 93
• confirmation and physico-chemical DNA properties 52
• conformation 127
• conformational and physico-chemical properties of DNA 53
• conformational features 15
• conformational stability 27
• consensus 91
• consensus words 66
• considerable asymmetry 59
• context analysis 84
• context sequences 61
• contigs 67
• core-polymerase 109
• correlation analysis 106
• correlations 107
• cosmid sequence scanning 80
• CpG islands 29 32
• cytochrome p450 97

D

• D.melanogaster 66
• data input 6
• database 1 2 3 4 5 6 8 9 11 12 13 14 17 18 55 98
• database activation 36
• database integration 16 61
• databases 74
• decision making 104
• development 3
• developmental stages 4
• devolopment of c.elegans 23
• dielectric function 58
• differentiation 4 9
• DNA bendability 34
• DNA binding sites 2
• DNA context 95
• DNA curvature 66
• DNA functional sites 52
• DNA recognition mechanisms 108
• DNA regulatory regions 11
• DNA replication 69
• DNA sequences 90
• DNA structure 34
• DNA topoisomerase I 110 127
• DNA-bending stiffness 32
• DNA-binding 106 107
• DNA-binding activity 7
• DNA-binding domains 12
• DNA-protein interaction 12
• DNA/RNA 14
• DNA/RNA secondary structure 45 89
• dog genome 91
• dosage compensation 33
• double helix 82
• Drosophila 17 35
• Drosophila melanogaster 3
• Drosophila melanogastr promoter sequences 35
• Drosophila promoters 33
• dynamic core 86
• dynamic of genes activities 26
• dynamic phase transition 81
• dynamic programming 103
• dynamic systems 121

E

• E.coli genome 114
• E.coli mRNAs 41
• ecology 120
• economics 120 121 122
• education 119 120 121 122
• electrostatic interactions 40
• enhancers 5
• entropy 77 78
• envelope protein 113
• equilibrium 120
• equilibrium constants 14
• erythroid cell 4
• erythroid cells 9
• escherichia coli 39
• eucaryotic promoters 31
• euclidian metrics 86
• eukariotes 8
• eukariotic organisms 37
• eukariotic promoters 38
• eukariots 50
• eukarioyic mRNA 60
• eukaryotic genes 5
• eukaryotic genomes 16
• eukaryotic promoters 29 32
• eukaryotic transcription factors 53
• evolution 3 96 97
• evolutionarily conserved sequence 50
• exon/intron structure prediction 92
• exons 45 65
• expression data 17
• expression dynamics 4
• expression pattern 5
• expression regulation 11
• extracellular proteins 112
• extreme conditions 28

F

• fitness landscape 81
• flower morphogenesis 24
• fold assignment 105
• fold recognition 102
• formal language 21
• frequency dictionaries 86
• frequency dictionary 77 78
• function 74
• functional activity 51
• functional annotation 105
• functional determinants 72
• functional genomics 94
• functional motifs 48
• functional site 111
• functional sites 14
• fuzzy logic 52 104

G

• G-protein coupled receptors 72
• game training 120 121
• gamma-proteobacterium 64
• gapped nucleotide correlations 35
• GATA 31
• GC-content 79
• GC-rich regions 51
• GCC element 51
• gene activity 26
• gene expression 4 9 75
• gene families 100
• gene finding 73
• gene function 55
• gene mapping 76
• gene net 25
• gene networks 6 8 10 18
• gene orders 93
• gene recognition 65 67
• gene structure 71
• gene structures 98
• gene-specific regulation 12
• genes 1 3 10 11 92
• genes of photosyntesis 11
• genetic code 73
• genetic language 20
• genetic networks 17 26 55
• genetic regulatory networks 24
• genetic text 57 78
• genom regulation 113
• genome characterization 80
• genome data 88
• genome sequences 87 94
• genomic analysis 114
• genomic DNA sequences 79
• genomic sequences 105
• globin genes 38
• glucorticoid-controlled gene 7
• glycoprotein 117
• glycosylphosphatidylinositol anchoring 112
• grammar 21
• growth factors 4

H

• haemophilus influenzae 39
• hairpin formation 41
• helix-turn-helix dna-binding motif 114
• hepatocarcirogens action 7
• hidden Markov models 29 34 79
• hierarchical level 27
• high-expression mRNA 60
• high-level query luanguage CPL 61
• HNF3 7
• holo-polymerase 109
• homeobox 3
• homeodomain proteins 50
• homeospecific site 43
• homology search 68
• HOX-clusters 3
• hox-networks 3
• hoxb3 binding site 50
• human 109
• human genes 67
• human genome 122
• human immunodeficiency virus 113 117
• human lactoferrin 115
• human population genofond 99
• human RNA polymerase II promoters 34
• humanitarian science 119
• hydrophobicity profile 117
• hypersensitive sites 45

I

• Identifications of matrix/scaffold attachment regions 46
• immune cell activation 37
• immunoglobulin 90
• immunoglobulin superfamily 92
• inducible regulation 12
• information 77
• information analysis 122
• information context 56
• information fusion 19
• integrated coding potential 68
• interferon-induced Mx1 protein 25
• interferon-inducible genes 8
• Internet 6 18 74
• Internet-based recogniton 36
• interspersed repetitive elements 91
• intracekkukar liquids 58
• intron detection 75
• intron structure 75
• inverse-folding protocol 102
• Ising model 82

J

• japanese encephalitis virus 116
• japanese puffer fish genome 80
• Java 23
• java applet 18
• java applets 17

K

• knowledge base 15
• knowledge discovery 16
• knowledge discovery system 15
• Kramer-Kroning analysis 58

L

• lamin 66
• large scale genome sequencing 98
• law 120 121 122
• leucine motif 118
• ligand binding sites 2
• linear discriminant analysys 46
• linkage analysis 126
• lipid metabolism 10
• living waves 120
• local multiple align 66
• long-range interaction 58
• long-terminal repeat 49
• low-expression mRNA 60

M

• M/SAR DNA 66
• mammalian chromosomes 76
• mathematical modelling 26
• mechanism 7 8
• mechanisms of expression regulation 25
• membrane 118
• metabolic network control 19
• metaprofiles 29
• mevalonate pathway 10
• minimalist model genome 80
• mitochondrial ATP synthase 118
• mitochondrial DNA 123
• mobile genetics elements 48
• model 23 25
• modular structure 124
• molecular functions 48
• molecular genetic regulatory systems 20
• molecular genetic techniques 99
• molecular genetics databases 125
• molecular information system 19
• molecular mechanisms 40
• molecular modelling 116
• molecular systematic 123
• Monte Carlo 101
• Monte-Carlo simulation 71
• mRNA 4 96
• mRNA forms 45
• mRNA leaders 14
• MS SQL Server 6
• multiple alignment 91 116
• multiple sequence alignment 84
• mutational analysis 97
• mutational hotspots 95
• mutational spectra 95
• mutual information 70 71 101
• mycoplasma genitalium 22

N

• natural science 119
• negative selection 62
• nematode caenorhabditis elegans 49
• neural networks 72
• NF-Y 31
• nitrogen fixation 11
• NON-LTR 49
• nucleosomal DNA 54
• nucleotide context 15
• nucleotide frequency profiles 32
• nucleotide sequence 78 84 97
• nucleotide sequence alignment 83
• nucleotide sequence samples 125
• nucleotide sequences 70 86 89 95
• nucleotide sequences analysis 125
• nukleotide sequences 47
• numerical simulation 96

O

• o-aminoazotoluene 7
• object-oriented language 57
• oct genes 43
• oct proteins 43
• oct-1 promoter 43
• octamer site 43
• oligonucleotide 110
• oligonucleotide motifs 38
• ontogenesis 4
• operon 64
• orthologs 87

P

• P53 45
• packing dencity 117
• pair structural alignment 103
• pairwise and multiple alignment 124
• paralogs 87
• pattern recognition 57
• patterns 56
• pedigree data 126
• peeling technique 126
• periodicity 71 101
• phenotypic analysis 94
• physical and chemical features 15
• physico-chemical properties 127
• plant 11
• polyadenilation signals 68
• polyanion binding 115
• posttranslational modification 112
• POU domain 43
• pre-mRNA 75
• pre-mRNA processing sites 14
• predicted genes 98
• predicting 44
• prediction 52
• prediction tools 68
• procariote model cell 22
• program generation 42
• promoter 1
• promoter recognition 36
• promoter-polymerase recognition 40
• promoters 5 14 30 37 40
• protein 2 4 74 103
• protein binding sites 84
• protein coding genes 68
• protein conformation 71 104
• protein sequence 73 101
• protein sequences 100
• protein structure 102
• protein structure similarity 113 117
• protein-binding sites 14
• protein-DNA interactions 115
• protein-protein interaction 12 109
• proteins 104 105 118
• protist DNA 65
• purine and arginine regulons 39

Q

• query retrieval language 74

R

• radiation hybrids 76
• random sequences 78
• receptor 2
• recognition 31 50
• recognition mechanism 110
• recognition program generation 111
• regilatory region 7
• regilatory regions 5 6 8
• regilatory regions database 10
• regression analysis 83 97
• regulation 5
• regulaton mechanisms 27
• regulaton of erythropoiesis 18
• regulaton of metabolism 20
• regulatory elements 47 89
• regulatory feedbacks 8
• regulatory regions 1 37 51
• regulatory sequences 16 50
• repeated elements 68
• replication origin 57
• retrotransposons 49
• ribosomal 16s RNA 86
• ribosomal protein 64
• RNA polymerase II 109
• RNA secondary structure 64 75 81

S

• sea urchin 17
• sea urins 3
• selective advantage 69
• selective model 76
• self-organization 119
• sequence analysis 88 90
• sequence comparison 87
• sequence complexity 32
• sequence data representation 88
• sequence dependent and independent enzymes 108
• sequence similarity 101 123
• sequences 13
• Shine-Dalgarno sequence 63
• sigma subunit 109
• signal processing 30
• signal transdiction 2
• silencers 5
• similarity 104
• similarity profiles 124
• site recognition 39 42 90
• sites 5
• Sp1 31
• specific sequence motifs 35
• spectral analysis 30
• splice sites 68
• splicing 75
• splicing sites 65
• SRS 14
• start codon 62
• statistical significance 83
• statistical thermodynamics 82
• statistically significant alignment matrix 56
• stochastic geometry 104
• stop codons 41
• storage protein genes 11
• strong base correlations 70
• structural and compositional features 59
• structural features 60
• structural profile 34
• structure 74
• structure alignment 104
• subcellular localization 112
• symbol composition 77
• symbolic chain 77
• synergism or antagonism 12
• synergy 119

T

• T-cell receptor 90
• TATA-binding protein 109
• TATA-binding protein affinnity 44
• TATA-box 31 32
• TATA-box signals 68
• TBP 31
• the basic principles 108
• threading 102
• three dimensional structure 2
• tissue specificity 38
• tissue-specific induction 12
• transcription 5 6 8 10 11 50 69 109
• transcription control elements 29
• transcription factor 8 9 10 11 12 13 15 55 106 107
• transcription factor binding sites 37
• transcription factors 1 4 5 31
• transcription regulation 9 36 47 55
• transcription regulatory patterns 39
• transcription regulatory regions 124
• transcription termination 41
• transcriptional activation 115
• transcriptional regulation 114
• transcriptional start 34
• transduction pathway 21
• transgenic rescue 94
• translation 96
• translation initiation 62
• trinucleotide frequency 62
• triplet periodicity 70

U

• untranslated region 62
• utility theory 104
• utility theory for decision making 52

V

• vaccine 116
• verifying the syntax 6
• vertebrate ontogenesis 9
• vertebrates 3 17
• viewer 74
• virtual whole cell simulation 22
• visualization 125
• vocabularies 6
• VRML 23

W

• web/database 23
• weight matrix 37 85

X

• X chromosome 33
• X-linked promoters 35

Y

• yeast 1
• yeast genome 79

Z

• zinc finger 107 111
• Zipf law 100