Keywords index

1

  • 15 B-DNA 15
  • 16S rRNA 63

5

  • 5′-untraslated leaders 60
  • 5′-untraslated regions 59

A

  • activated database 42
  • active database 15
  • activity 14 52
  • adduct formations 45
  • alignment 13 73 85
  • alternative splicing 67
  • alu repeats 89
  • amino acid composition 73
  • amino acid sequence 111
  • amino acid sequences 85
  • amino acid substitutions 106 107
  • analysis tools 1
  • and RNA secondary structure 82
  • anthology 74
  • antigen determinant 113
  • antigenic determinant 116
  • antisense oligonucleotide 81
  • antiviral response 18
  • apolipoprotein 113 117
  • arabidopsis thaliana 24
  • artificial neural networks 30
  • asymmetrical coding sequences 69
  • asymmetrical repartition 69
  • AUG triplets 62
  • automata 21
  • automated visualization 18

B

  • B-DNA 127
  • bacterial genomes 39
  • bacterial species 69
  • base pairing free energy 63
  • bending stiffness energy 54
  • benzopyrene 45
  • binary classification 77
  • binding sites 10 11 12 13 15 38 68
  • bioinformatics 19 119
  • bioprocesses regulation 28
  • biosyntesis 10
  • business game 122
  • bZIP domain 106

C

  • Ca-dependent proteins 86
  • caenorhabditis. elegans 3
  • cell signaling 21
  • cellular automata 121
  • cellular location 105
  • central limit theorem 42
  • chloroplasts 47
  • cholesterol 10
  • chromosome 93
  • chromosome evolution 93
  • chromosome segmentation 79
  • classification 53
  • cleavage site 127
  • cluster of orthologous groups 87
  • coding regions 84
  • coding sequences 72
  • codon distribution 96
  • codons 73
  • commerce 120 121 122
  • compensatory mutations 89
  • complementary duplexes 44
  • composite regulatory elements 12
  • computer analysis 59 63
  • computer experiment 85
  • computer program 60
  • computer simulation 93
  • confirmation and physico-chemical DNA properties 52
  • conformation 127
  • conformational and physico-chemical properties of DNA 53
  • conformational features 15
  • conformational stability 27
  • consensus 91
  • consensus words 66
  • considerable asymmetry 59
  • context analysis 84
  • context sequences 61
  • contigs 67
  • core-polymerase 109
  • correlation analysis 106
  • correlations 107
  • cosmid sequence scanning 80
  • CpG islands 29 32
  • cytochrome p450 97

D

  • D.melanogaster 66
  • data input 6
  • database 1 2 3 4 5 6 8 9 11 12 13 14 17 18 55 98
  • database activation 36
  • database integration 16 61
  • databases 74
  • decision making 104
  • development 3
  • developmental stages 4
  • devolopment of c.elegans 23
  • dielectric function 58
  • differentiation 4 9
  • DNA bendability 34
  • DNA binding sites 2
  • DNA context 95
  • DNA curvature 66
  • DNA functional sites 52
  • DNA recognition mechanisms 108
  • DNA regulatory regions 11
  • DNA replication 69
  • DNA sequences 90
  • DNA structure 34
  • DNA topoisomerase I 110 127
  • DNA-bending stiffness 32
  • DNA-binding 106 107
  • DNA-binding activity 7
  • DNA-binding domains 12
  • DNA-protein interaction 12
  • DNA/RNA 14
  • DNA/RNA secondary structure 45 89
  • dog genome 91
  • dosage compensation 33
  • double helix 82
  • Drosophila 17 35
  • Drosophila melanogaster 3
  • Drosophila melanogastr promoter sequences 35
  • Drosophila promoters 33
  • dynamic core 86
  • dynamic of genes activities 26
  • dynamic phase transition 81
  • dynamic programming 103
  • dynamic systems 121

E

  • E.coli genome 114
  • E.coli mRNAs 41
  • ecology 120
  • economics 120 121 122
  • education 119 120 121 122
  • electrostatic interactions 40
  • enhancers 5
  • entropy 77 78
  • envelope protein 113
  • equilibrium 120
  • equilibrium constants 14
  • erythroid cell 4
  • erythroid cells 9
  • escherichia coli 39
  • eucaryotic promoters 31
  • euclidian metrics 86
  • eukariotes 8
  • eukariotic organisms 37
  • eukariotic promoters 38
  • eukariots 50
  • eukarioyic mRNA 60
  • eukaryotic genes 5
  • eukaryotic genomes 16
  • eukaryotic promoters 29 32
  • eukaryotic transcription factors 53
  • evolution 3 96 97
  • evolutionarily conserved sequence 50
  • exon/intron structure prediction 92
  • exons 45 65
  • expression data 17
  • expression dynamics 4
  • expression pattern 5
  • expression regulation 11
  • extracellular proteins 112
  • extreme conditions 28

F

  • fitness landscape 81
  • flower morphogenesis 24
  • fold assignment 105
  • fold recognition 102
  • formal language 21
  • frequency dictionaries 86
  • frequency dictionary 77 78
  • function 74
  • functional activity 51
  • functional annotation 105
  • functional determinants 72
  • functional genomics 94
  • functional motifs 48
  • functional site 111
  • functional sites 14
  • fuzzy logic 52 104

G

  • G-protein coupled receptors 72
  • game training 120 121
  • gamma-proteobacterium 64
  • gapped nucleotide correlations 35
  • GATA 31
  • GC-content 79
  • GC-rich regions 51
  • GCC element 51
  • gene activity 26
  • gene expression 4 9 75
  • gene families 100
  • gene finding 73
  • gene function 55
  • gene mapping 76
  • gene net 25
  • gene networks 6 8 10 18
  • gene orders 93
  • gene recognition 65 67
  • gene structure 71
  • gene structures 98
  • gene-specific regulation 12
  • genes 1 3 10 11 92
  • genes of photosyntesis 11
  • genetic code 73
  • genetic language 20
  • genetic networks 17 26 55
  • genetic regulatory networks 24
  • genetic text 57 78
  • genom regulation 113
  • genome characterization 80
  • genome data 88
  • genome sequences 87 94
  • genomic analysis 114
  • genomic DNA sequences 79
  • genomic sequences 105
  • globin genes 38
  • glucorticoid-controlled gene 7
  • glycoprotein 117
  • glycosylphosphatidylinositol anchoring 112
  • grammar 21
  • growth factors 4

H

  • haemophilus influenzae 39
  • hairpin formation 41
  • helix-turn-helix dna-binding motif 114
  • hepatocarcirogens action 7
  • hidden Markov models 29 34 79
  • hierarchical level 27
  • high-expression mRNA 60
  • high-level query luanguage CPL 61
  • HNF3 7
  • holo-polymerase 109
  • homeobox 3
  • homeodomain proteins 50
  • homeospecific site 43
  • homology search 68
  • HOX-clusters 3
  • hox-networks 3
  • hoxb3 binding site 50
  • human 109
  • human genes 67
  • human genome 122
  • human immunodeficiency virus 113 117
  • human lactoferrin 115
  • human population genofond 99
  • human RNA polymerase II promoters 34
  • humanitarian science 119
  • hydrophobicity profile 117
  • hypersensitive sites 45

I

  • Identifications of matrix/scaffold attachment regions 46
  • immune cell activation 37
  • immunoglobulin 90
  • immunoglobulin superfamily 92
  • inducible regulation 12
  • information 77
  • information analysis 122
  • information context 56
  • information fusion 19
  • integrated coding potential 68
  • interferon-induced Mx1 protein 25
  • interferon-inducible genes 8
  • Internet 6 18 74
  • Internet-based recogniton 36
  • interspersed repetitive elements 91
  • intracekkukar liquids 58
  • intron detection 75
  • intron structure 75
  • inverse-folding protocol 102
  • Ising model 82

J

  • japanese encephalitis virus 116
  • japanese puffer fish genome 80
  • Java 23
  • java applet 18
  • java applets 17

K

  • knowledge base 15
  • knowledge discovery 16
  • knowledge discovery system 15
  • Kramer-Kroning analysis 58

L

  • lamin 66
  • large scale genome sequencing 98
  • law 120 121 122
  • leucine motif 118
  • ligand binding sites 2
  • linear discriminant analysys 46
  • linkage analysis 126
  • lipid metabolism 10
  • living waves 120
  • local multiple align 66
  • long-range interaction 58
  • long-terminal repeat 49
  • low-expression mRNA 60

M

  • M/SAR DNA 66
  • mammalian chromosomes 76
  • mathematical modelling 26
  • mechanism 7 8
  • mechanisms of expression regulation 25
  • membrane 118
  • metabolic network control 19
  • metaprofiles 29
  • mevalonate pathway 10
  • minimalist model genome 80
  • mitochondrial ATP synthase 118
  • mitochondrial DNA 123
  • mobile genetics elements 48
  • model 23 25
  • modular structure 124
  • molecular functions 48
  • molecular genetic regulatory systems 20
  • molecular genetic techniques 99
  • molecular genetics databases 125
  • molecular information system 19
  • molecular mechanisms 40
  • molecular modelling 116
  • molecular systematic 123
  • Monte Carlo 101
  • Monte-Carlo simulation 71
  • mRNA 4 96
  • mRNA forms 45
  • mRNA leaders 14
  • MS SQL Server 6
  • multiple alignment 91 116
  • multiple sequence alignment 84
  • mutational analysis 97
  • mutational hotspots 95
  • mutational spectra 95
  • mutual information 70 71 101
  • mycoplasma genitalium 22

N

  • natural science 119
  • negative selection 62
  • nematode caenorhabditis elegans 49
  • neural networks 72
  • NF-Y 31
  • nitrogen fixation 11
  • NON-LTR 49
  • nucleosomal DNA 54
  • nucleotide context 15
  • nucleotide frequency profiles 32
  • nucleotide sequence 78 84 97
  • nucleotide sequence alignment 83
  • nucleotide sequence samples 125
  • nucleotide sequences 70 86 89 95
  • nucleotide sequences analysis 125
  • nukleotide sequences 47
  • numerical simulation 96

O

  • o-aminoazotoluene 7
  • object-oriented language 57
  • oct genes 43
  • oct proteins 43
  • oct-1 promoter 43
  • octamer site 43
  • oligonucleotide 110
  • oligonucleotide motifs 38
  • ontogenesis 4
  • operon 64
  • orthologs 87

P

  • P53 45
  • packing dencity 117
  • pair structural alignment 103
  • pairwise and multiple alignment 124
  • paralogs 87
  • pattern recognition 57
  • patterns 56
  • pedigree data 126
  • peeling technique 126
  • periodicity 71 101
  • phenotypic analysis 94
  • physical and chemical features 15
  • physico-chemical properties 127
  • plant 11
  • polyadenilation signals 68
  • polyanion binding 115
  • posttranslational modification 112
  • POU domain 43
  • pre-mRNA 75
  • pre-mRNA processing sites 14
  • predicted genes 98
  • predicting 44
  • prediction 52
  • prediction tools 68
  • procariote model cell 22
  • program generation 42
  • promoter 1
  • promoter recognition 36
  • promoter-polymerase recognition 40
  • promoters 5 14 30 37 40
  • protein 2 4 74 103
  • protein binding sites 84
  • protein coding genes 68
  • protein conformation 71 104
  • protein sequence 73 101
  • protein sequences 100
  • protein structure 102
  • protein structure similarity 113 117
  • protein-binding sites 14
  • protein-DNA interactions 115
  • protein-protein interaction 12 109
  • proteins 104 105 118
  • protist DNA 65
  • purine and arginine regulons 39

Q

  • query retrieval language 74

R

  • radiation hybrids 76
  • random sequences 78
  • receptor 2
  • recognition 31 50
  • recognition mechanism 110
  • recognition program generation 111
  • regilatory region 7
  • regilatory regions 5 6 8
  • regilatory regions database 10
  • regression analysis 83 97
  • regulation 5
  • regulaton mechanisms 27
  • regulaton of erythropoiesis 18
  • regulaton of metabolism 20
  • regulatory elements 47 89
  • regulatory feedbacks 8
  • regulatory regions 1 37 51
  • regulatory sequences 16 50
  • repeated elements 68
  • replication origin 57
  • retrotransposons 49
  • ribosomal 16s RNA 86
  • ribosomal protein 64
  • RNA polymerase II 109
  • RNA secondary structure 64 75 81

S

  • sea urchin 17
  • sea urins 3
  • selective advantage 69
  • selective model 76
  • self-organization 119
  • sequence analysis 88 90
  • sequence comparison 87
  • sequence complexity 32
  • sequence data representation 88
  • sequence dependent and independent enzymes 108
  • sequence similarity 101 123
  • sequences 13
  • Shine-Dalgarno sequence 63
  • sigma subunit 109
  • signal processing 30
  • signal transdiction 2
  • silencers 5
  • similarity 104
  • similarity profiles 124
  • site recognition 39 42 90
  • sites 5
  • Sp1 31
  • specific sequence motifs 35
  • spectral analysis 30
  • splice sites 68
  • splicing 75
  • splicing sites 65
  • SRS 14
  • start codon 62
  • statistical significance 83
  • statistical thermodynamics 82
  • statistically significant alignment matrix 56
  • stochastic geometry 104
  • stop codons 41
  • storage protein genes 11
  • strong base correlations 70
  • structural and compositional features 59
  • structural features 60
  • structural profile 34
  • structure 74
  • structure alignment 104
  • subcellular localization 112
  • symbol composition 77
  • symbolic chain 77
  • synergism or antagonism 12
  • synergy 119

T

  • T-cell receptor 90
  • TATA-binding protein 109
  • TATA-binding protein affinnity 44
  • TATA-box 31 32
  • TATA-box signals 68
  • TBP 31
  • the basic principles 108
  • threading 102
  • three dimensional structure 2
  • tissue specificity 38
  • tissue-specific induction 12
  • transcription 5 6 8 10 11 50 69 109
  • transcription control elements 29
  • transcription factor 8 9 10 11 12 13 15 55 106 107
  • transcription factor binding sites 37
  • transcription factors 1 4 5 31
  • transcription regulation 9 36 47 55
  • transcription regulatory patterns 39
  • transcription regulatory regions 124
  • transcription termination 41
  • transcriptional activation 115
  • transcriptional regulation 114
  • transcriptional start 34
  • transduction pathway 21
  • transgenic rescue 94
  • translation 96
  • translation initiation 62
  • trinucleotide frequency 62
  • triplet periodicity 70

U

  • untranslated region 62
  • utility theory 104
  • utility theory for decision making 52

V

  • vaccine 116
  • verifying the syntax 6
  • vertebrate ontogenesis 9
  • vertebrates 3 17
  • viewer 74
  • virtual whole cell simulation 22
  • visualization 125
  • vocabularies 6
  • VRML 23

W

  • web/database 23
  • weight matrix 37 85

X

  • X chromosome 33
  • X-linked promoters 35

Y

  • yeast 1
  • yeast genome 79

Z

  • zinc finger 107 111
  • Zipf law 100