Центральным объектом системной компьютерной биологии являются молекулярно-генетические системы или так называемые генные сети – ансамбли координировано функционирующих генов, РНК, белков и метаболитов, работающих на уровне клеток, тканей, органов, организмов и обеспечивающих на основе информации, закодированной в геномах, формирование фенотипических признаков (молекулярных, биохимических, клеточных, морфологических, физиологических, поведенческих и др.), характерных для организмов различных видов, находящихся в специфической для них среде обитания. Изучение регуляции экспрессии генов и реконструкции генных сетей является ключевым как для понимания механизмов функционирования живых организмов, так и выявления закономерностей развития клеток и органов. Исследование молекулярно-генетических механизмов повреждающего влияния генетической изменчивости на генные сети, функционирующие на уровне клеток, тканей, органов и организма человека одна из центральных задач фундаментальной биологии и биомедицины. Компьютерное исследование функционального ответа генных сетей, в частности иммунного ответа, на факторы внешней среды особенно актуально как медицинское применение разрабатываемых методов компьютерной геномики. Кроме приложений в медицине важнейшее значение имеют применения системно-биологических подходов в биотехнологии, генетике растений, биоинженерии модельных организмов-продуцентов, таких как дрожжи, грибы, водоросли (цианобактерии). Практические занятия будут включать компьютерные занятия по моделированию генных сетей, обучение использованию методов и программ анализа генных сетей.
